媽祖是我國古代至高無上的海神，按照古禮，凡能禦大災、捍大患和有功大於國家者宜得禮。所以自南宋以來，歷代帝王不僅對媽祖頻頻褒封，還由朝廷頒佈諭祭。元代，曾三次派朝臣代表皇帝到湄洲致祭。明永樂則在南京天妃宮舉行禦祭，由太常寺卿主持，並配備樂舞。清康熙統一臺灣後，又屢次派朝臣詣湄洲致祭，清雍正複詔普天下行三跪九叩禮。
湄洲媽祖祖廟祭大典於清代編入國家祀典，與陝西省黃陵縣黃帝陵祭典、山東省曲阜市祭孔大典並稱為"中華三大祭典"。為弘揚中華傳統文化，將媽祖祭儀引向規範，1994年參照歷史資料和民俗祭儀制定《湄洲祖廟祭典》。近幾年又對祭奠樂舞進行藝術加工，以期宗教祭禮興藝術觀賞完美結合。
湄洲媽祖祖廟祭大典在每年媽祖誕生之日(農曆三月二十三日)和羽化升天日(農曆九月初九)，湄洲祖廟廣場或新殿天后廣場舉行，全程約45分鐘，規模分大、中、小三種。湄洲媽祖祖廟祭典自成一體，歷史悠久影響深遠，已列入首批大陸國家級非物質文化遺產名錄加以保護。
媽祖祭祀活動，有獨特的方式與內容。但凡有奉祀媽祖的宮廟，其祭祀活動方式與內容也大致相同。媽祖的祭祀活動包括形式，節日慶典，回外家（返娘家），詩簽，媽祖經文，祭器儀仗，有關民俗等。
祭器與儀仗祭祀媽祖，是媽祖信仰最主要的活動內容之一。民間供奉媽媽祖的主要群體是漁民和船工。用海產品供奉媽祖是漁民的特色，一些罕見的大蛤殼、海螺殼，大龍蝦殼等，都作為供品稀薄年陳列。大小節日慶典，還麵粉蒸制各種象徵水族或其他神獸的供品。在許多宮廟中還藏著為數眾多的船模，這是航海者和船工們奉獻給媽祖的供品。一是祈求其航船能受到媽祖的護佑；二是徵詢媽祖神靈的意願，然後動工造船。媽祖的供品中，往往還有形式多樣的繡花鞋，名為"媽祖鞋"，以示各媽祖求子。
媽祖廟中的神龕，供桌及燭臺、香爐、鐘磬、鼓號和其他祭器，都是媽祖信仰的文物。莆田地區的漆金木刻工藝，普遍用於這一帶媽祖廟的神龕。供桌的製作，不僅雕工精細，構思奇巧，且金光閃爍，令人世間炫目。至於供奉媽祖的各種祭器，如盤龍燭臺，果盒、饌盒等也都是漆金木刻的珍品。在這些宮廟中，媽祖神像的裝飾也極為華麗，有精鏤細雕的銀冠、銅冠、絢麗多彩的龍袍、霞帔、珠靴及朝珠、玉圭等。
在媽祖信仰的民俗文物中，數量最多、品種最豐富的當推媽祖出遊用的全套儀仗器物。其中有刺繡人物、花卉、龍虎圖案的清道旗；還涼傘、鳳輦；漆金木刻的香亭、鑾駕、鼓亭、伙食擔、香火擔；龍眼木雕的硝桶、黃楊木雕硝角、起馬牌；斬怪刀、驅妖牌、龍頭牌、龍頭仗及"天上聖母"銜牌，"肅靜""回避"牌等；銅號、銅鏡、雪花槌、大刀、鉞及鯉戟、犀角畫戟、鳳凰牧牡丹燭屏等銅器。此外，還有大小燈籠、火銃及其他器物。每當媽祖出巡或謁祖進香，所有這些儀仗器物由著裝打扮的侍神、中軍、文曹、武判、隨人等各色人物或執肩或抬，按一定的順序相間排列，前呼後擁，無異是媽祖民俗文物大展示。
祭祀儀式人們對聯媽祖的信仰活動一般有三大類：一是非曲直大醮，二是清醮，三是出遊，還有"回娘家"和"分神"。近年來，湄洲祖廟較為隆重的儀式是組織儀仗隊，在湄洲碼頭迎送進香者。
大醮即是大慶典的紀念活動。如祖廟落成，開光，千年祭等。此時祖廟內秘須演奏五鑼鼓，放銃炮，演木偶戲，奏八樂鼓吹，演莆仙戲。演戲時規定必須先跳加官、演八仙、狀元遊街，以後才正式開演節目。祖廟內還清經師、和尚各九人做道場法事，而經師和尚還得配備自己的吹鼓手演奏。總之，整個慶典活動規模較大，形式隆重。如1986年舉行媽祖升天千年祭時，還特地出版畫冊。
清醮即常年的紀念活動。主要的活動有農曆三月廿三媽祖生日，農曆九月初九媽祖升天紀念，這是俗定常規的春秋二祭活動。此外，還有媽祖元宵和農曆八月十五慶賀中軍生日。但因中軍是媽祖屬下，所以慶賀只在中軍殿內舉行。
（1）媽祖元宵。媽祖元宵的正日在元月初十。這個節日主要是人們敬請媽祖慶賞元宵。由於湄洲除祖廟外，全境還有15座媽祖宮奉祀媽祖，所以慶賞元宵的活動，是從正朋初八日始至十八日止。各宮媽祖神像先後抬來祖廟上香。各媽祖宮隨從的儀仗隊有大旗、大燈、大吹鼓，還有放銃炮。由各宮福首主持進香。祖廟請道士做醮。供品由平時祈求、許願的信徒提供答謝祭祀。還演奏鼓吹八樂等。按慣例，元宵活動先由山尾宮抬媽祖神像到祖廟慶元宵，然後出巡慶賀元宵。有"擺棕轎"、"耍刀轎"等，場面壯觀和熱鬧非凡的文娛表演以及媽祖出宮、回宮活動。
（2）媽祖生日紀念。農曆三月廿三是媽祖誕辰紀念日，人們俗呼為"媽祖生"的慶典最為熱鬧，其隆重程度甚至超過春節。該日由各中正福首一人總籌其事，各宮頭人頭人各負執事之責。慶駕活動自從三月初學者五開始到廿三止。廿三正日，祖廟正式舉行慶賀，在自廿二晚間開始，先鳴放銃炮，後做醮，照例奏鼓吹八樂、演戲。
廟內供品有：五牲、五湯、十錦。五牲，即全豬、全羊、雞、鵝、海味。五湯，是用桂元幹、芡實、蓮子、紅棗、柿餅五種果實做麵湯點。十錦，是用白豆著色，排出十種花樣及文字，分別放在十個小碗內，是幹品。此外，還有燒金、"表禮"。
農曆九月初九的媽祖升天紀念活動，因為是忌日，紀念活動的特點是戒葷，供品不備五牲，一律用素食，祖廟內行三齋六戒。從九月初六至初九演戲。
據湄洲祖廟載，對於天上聖母三月廿三壽誕春祭及九月初九祖廟聖母秋祭，都有一套嚴格規定的供品底數。春祭開祚發賞也都有定規。
出遊這是湄洲島全境祈求媽祖平安的一種活動儀式。目的是請媽祖巡遊全境，掃蕩妖氛，庇護闔境黎民平安順意。這種出遊，不一定每年都舉行，出遊的日子也不是固定的。
每年家史二月初一日，即湄洲島習俗的"頭牙"。這個規矩不同於莆田其他地方二月初二"頭牙"的習俗。人們在媽祖神像前問卜祈安，如"蔔杯"同意，則在祖廟做祈安法事，演戲等；如"蔔杯"不同意，便決定出遊。此時，全鄉耆老集中祖廟決定出遊主持人，再"蔔杯"確定出遊的月份，然後擇日師推算出遊具體日期。出遊的那一天，湄洲全境15宮的媽祖同祖廟的媽祖（稱媽祖）全部抬出去巡遊並規定到下山宮駐駕1天。諸宮媽祖東西兩行排列，媽祖則排在東邊首席。出遊後，"蔔杯"決定媽祖回駕祖廟的時辰。媽祖聖駕回鑾。先是五駕、中軍，繼為媽祖，後為各宮媽祖相隨。下山宮的媽祖排在最後，因為它是媽祖駐駕時的宮廟主人。
分神是外地媽祖執事人員到湄洲祖廟請香儀式，故稱"分神"或叫"分靈"。通常是外地媽祖廟有慶賀活動或節日時，虔城的信徒便不論遠近，專程來到湄洲祖廟，敬請媽祖駕臨該地媽祖宮觀賞，賜福。事後，"香火"即留該處，不再送回。以後如有活動，仍然再行駛此請香儀式。所以，分神一事，在湄洲祖廟多則一日數十起，尤其是每年三月廿三媽祖生日時為盛。據查，媽祖"回外家"的情況與"分神"是一樣。
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